自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
引言卷一御纂《医宗金鉴》疹门心法要诀疹原麻疹轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹附司天掌诀歌《专治麻痧》述古编叙卷二钱
推篷寤语
序引补剂用药中风咳嗽吐血中暑痢疾阴症老人妇人小儿外科治法制剂煎药服药法延医秘方诡诞宗传跋
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
程门雪遗稿
湿热病篇
新雕百一选方序奉敕校正百一选方表《曝书亭集》所载《百一选方》跋百一选方序是斋百一选方序新刊续添是斋百一选方目录卷之一第一门（丹药）三神丹法太素丹白丹金液丹太上紫霞丹水金丹雄朱丹蜀仙丹资寿小金丹第二门（
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
卷上论疮肿诊候入式法论荣卫色脉参应之法论持手诀消息法论三部所主脏腑病证论脉证名状二十六种所主病证论三部脉所主证候论三部脉所主杂病法诀论诊候肺疽肺痿法论将护忌慎法论疮疽肿虚实法辨疮肿浅深法辨脓法辨疮疽疖